Das 16. Jahrhundert war geprägt von der Ausbreitung des Luthertums und den daraus resultierenden Auseinandersetzungen und Unruhen. Die Freiherren Hoffmann erwiesen sich als maßgebliche Förderer des neuen Glaubens und beherrschten bald das gesamte Paltental und Gebiete darüber hinaus. Im Zuge der nachfolgenden Gegenreformation wird über Anweisung des Landesfürsten am 15.11.1599 eine Reformkommission nach Rottenmann entsandt – zwei Tage später war die erst vor 20 Jahren erbaute evangelische Salvatorkirche in Schutt und Asche gelegt. Durch die Abwanderung lutherisch Gesinnter zählte Rottenmann im Jahr 1612 nur mehr 116 Bürger, wobei man in dieser Zeit nur jene Bewohner als Bürger bezeichnete, die innerhalb der Stadtmauern einen Hausbesitz nachweisen konnten.

Die mittlerweile eingetretene unbefriedigende wirtschaftliche Situation verschlechterte sich zusehends. 1647 hatte Rottenmann die größten Steuerschulden im Lande. 1710/11übernahm das Chorherrenstift Vorau die Verwaltung der Stadt. 1754 wurden die Bürger von Rottenmann im Zuge einer Erhebung zur Haugwitz’schen Reform als völlig verarmet bezeichnet. Durch die Josefinische Klosterreform musste das Chorherren Stift aufgehoben werden, später wurde Rottenmann die Rechtsstellung als landesfürstliche Stadt aberkannt, sie wurde untertänig, Munzipalstadt. Die Herrschaft übte ab 1788 der Religionsfond aus.
Trotz des wirtschaftlichen Niedergangs muss man auf den Bestand der Hammerwerke und der Sensenhämmer hinweisen, die eng mit den Namen der Familien Steinberger, Weinmeister, Hillebrand, Hierzenberger, Fürst, Poschinger und Pesendorfer verbunden sind.